社内融資制度にも様々な種類があります。

ご相談者様がどのようなものを利用されているか分かりかねますので

断定的な事は申し上げられません。

ご相談内容から推測すると、勤務先の会社が住宅ローンを直接融資している場合ではないかと考えられます。

このような場合には、退職時に住宅ローンを一括返済をすることが原則です。

もし自己資金が返済額に満たない場合には、金融機関から住宅ローンの借り入れをすることになるでしょう（ほとんどの場合がこの方法になるかと思います）。

まずは金融機関に相談に行き、借り入れが可能かどうかを事前に調べておきましょう。