現在まで支払い続けてきた地代を底地の売買価格に斟酌することへの根拠を探すのは難しい問題です。
売買価格はあくまでも地主との交渉によって決まります。交渉材料の1つとして提示してみてはいかがでしょうか。
1つの土地上に底地権と借地権という2つの権利が発生している状況は決して望ましいものではありません。底地権及び借地権それぞれの売買価格が所有権よりも著しく低いことを考えればお分かりいただけると思います。今回のように地主からの提案であれば積極的に検討していただくことをお勧めします。所有権になれば銀行等への担保価値は飛躍的に向上します。