クレジットカードで代金を支払われたとしても、『一括払い』を選択されているのであれば問題はありません。

（引き落としが出来ない、支払いに遅延があるなどは別ですが）

問題なのは『分割払い』『キャッシング』等利息が発生する使用方法です。

利息が発生してしまうと住宅ローンの審査における返済負担率（年間の収入に対する年間支払額の割合）へ加算されてしまいます。

住宅ローンと合わせて金融機関の定める返済負担率に収まらない場合には、住宅ローンの融資額の減額等の措置がなされます。

上記のようにクレジットカードの利用方法次第では住宅ローンの審査に大きな影響を及ぼしますので、住宅ローンの審査に申し込む前にクレジットカードの返済を終わらせることをお勧めします。